Des données comparables
Vos enregistrements arrivent dans les mêmes formats et les mêmes outils que ceux des autres labos, au lieu d'un format que seul votre labo sait lire.
Outils pour les neurosciencesDes plugins Open Ephys sur mesure
Vous avez une nouvelle sonde, du matériel d'acquisition ou un algorithme temps réel. Vous pouvez construire votre propre logiciel et votre propre format autour, ou l'intégrer à Open Ephys, où le reste de la discipline pourra s'en servir. J'aide les labos à faire le second choix.
Pourquoi un plugin
Rester dans l'écosystème que votre discipline utilise déjà
Moins à maintenir
L'acquisition, l'affichage et l'enregistrement existent déjà. Vous ne maintenez que la partie propre à votre matériel ou à votre méthode.
Plus facile à partager
D'autres labos peuvent installer votre plugin et utiliser votre sonde ou votre algorithme sans reconstruire votre montage.
Ce que j'ai construit
Mon travail sur Open Ephys
Un plugin pour une nouvelle sonde
Une doctorante devait mettre en production un algorithme d'acquisition écrit en LabVIEW. Au lieu d'un format maison, j'ai construit un plugin Open Ephys en C++ avec acquisition NI-DAQ, à partir du plugin modèle officiel et du plugin Neuropixels, plus une application de visualisation en temps réel pour un grand nombre de canaux (Panel, HoloViews). Lire le cas client
Envoyer les données d'Open Ephys vers un décodeur temps réel
Le plugin falcon-output, qui envoie les données d'Open Ephys vers la plateforme en boucle fermée Falcon, et un travail sur la prise en charge du Neuropixels PXI. Lire le cas client
Spike sorting en temps réel
J'ai contribué à un plugin Open Ephys de spike sorting en temps réel et à haute performance, en C++, pour une jeune société qui testait une nouvelle façon de localiser les neurones.
Ce qu'en dit la doctorante
“I had the pleasure of working with Marine on a new cutting-edge neural implant I develop for neuroscience research. I needed a software solution to acquire data through a National Instruments setup and she suggested the perfect approach: leveraging the accessibility of the Open Ephys platform, she coded a plugin and GUI tailored to our specific needs. She showed excellent skills in balancing complex hardware constraints and great user experience. I highly recommend working with her!”
Ce que couvre un projet
De votre matériel à un plugin que votre labo sait maintenir
Comprendre le signal
Votre matériel, son pilote ou son SDK, et ce dont l'expérience a besoin en temps réel.
Construire le plugin
En C++, selon les conventions d'Open Ephys, pour qu'il se comporte comme n'importe quel appareil pris en charge.
Visualiser
Si besoin, un affichage en temps réel adapté à votre nombre de canaux et à votre expérience.
Transmettre
Instructions de compilation, documentation, et une présentation pour les personnes qui le maintiendront.
Parlez-moi de votre matériel
Ce que vous enregistrez, avec quoi, et ce que vous devez voir ou calculer en temps réel.
marine@codingresearcher.com
Utile à préciser
- La sonde ou l'appareil, et son matériel d'acquisition
- Le nombre de canaux et la fréquence d'échantillonnage
- Le code existant (LabVIEW, MATLAB, Python…)
- Les besoins en temps réel : affichage, détection, boucle fermée